Los gérmenes, microorganismos o microbios son organismos diminutos que solamente se pueden observar a través de un microscopio. Se trata de un ser vivo unicelular o un sistema biológico con una organización elemental que tienen múltiples formas y tamaños. Un ejemplo de estos son los virus, las bacterias, los hongos y los parásitos.

Algunos microorganismos pueden causar enfermedades (son gérmenes patógenos) pero la inmensa mayoría de los microbios no son en absoluto perjudiciales; viven en relación con los seres humanos, juegan un papel clave para mantener la salud de las personas (es la llamada flora habitual o microbiota) y el ambiente (algas que proporcionan oxígeno al agua, bacterias que colaboran en la descomposición de la materia orgánica)